Museumshaven var oprindeligt en del af Brøndums gårds gamle have. I 1840'erne blev Havehuset og den tilhørende jord, der lå på nabogrunden, indlemmet i Brøndums gård. Museumshaven var et af de allerførste steder i Skagen, hvor det lykkedes at få større træer til at vokse og give ly for vinden. P.S. Krøyer malede haven på sit billede Hip, hip, hurra! fra 1888 (Göteborgs Konstmuseum). Han brugte havens store træer til at skabe fornemmelsen af flimrende sollys gennem bladløv.

Haven og dens mangfoldighed af planter og forskellige blomster vedblev at være en inspirationskilde for kunstnerne. For eksempel er solsikkerne der ses på Michael Anchers maleri Pigen med solsikkerne fra 1889 (Statens Museum for Kunst) plukket i haven. 

Familierne Brøndum og Ancher skænkede Brøndums gamle have, inklusiv Havehuset og korntørringsmagasinet (Krøyers atelier), til Skagens Museum i april 1919. I 1926 blev den gamle have udvidet med en tilstødende grund, hvorpå Skagens Museum blev opført i 1926-28. Haven, der før havde været en del af Brøndums Hotel, ændrede navn til Skagens Museums have. Både familierne Brøndum og Ancher havde dog, så længe de levede, fuld adgang til haven. 

I dag er et udvalg af museets skulpturer placeret i haven, hvor der er fri adgang for museets gæster.